教えて！住まいの先生

社員７名のシステム開発会社の役員をやっています。
昨年５月に入社したのですが、何かと理由をつけて源泉徴収票を発行してくれないのですが、発行できない理由として考えられる不正は何がありますでしょうか？

零細企業なので、経理も社長の奥様がパート的にやっていて、昨年暮れの年末調整は顧問契約をしている税理士に依頼しました。
いわゆるワンマン経営に近いので、詳細な会社のキャッシュフローなども教えてくれませんし、税理士とのやりとりも社長が一任してやっています。
年末調整の還付金も入金されましたが、源泉徴収票その他金額を証明する明細はもらっていません。
（予想していた金額に近いので金額に不正はないと思っています）

また役員報酬の明細に記載されている保険料、年金、所得税の金額も報酬額に対して辻褄が合っていますし、手取り分は毎月きちんと入金されています。（住民税は一般徴収なので自分で払っています）

ここからが本題ですが、昨年、家族が大病を患った関係で医療費控除の確定申告をしようとしているのですが、その際に源泉徴収票が必要なので発行してほしいといっても何だかんだ理由をつけて受け付けてくれません。
（税務署に問い合わせて確認したり、そもそも源泉徴収票の発行は会社の義務だということも話したにも関わらず）
ですが、いずれにしろ発行してもらわないと確定申告ができないので、こちらも引き下がらずに説得した結果、最終的に会社側に代わりに確定申告してもらうことになりました。

そこまでして頑なに発行を拒むには、何かやましいことをしているようにしか思えません。
他の社員はみんな若いので源泉徴収票など気にしておらず、税務署に不発行の申告をしたりすると匿名であっても該当する人物は私しかいないのがすぐわかってしまうように思います。
顧問税理士に内々に相談することも考えましたが、社長が親類関係であるのでなるべく事を荒立てたくありません。

もし会社が何か不正をしているが為に発行できないとしたら、考えられる不正は何がありますでしょうか？
（源泉徴収票を発行してもらうにはどうしたらよいか知りたいのではありません。）