教えて！住まいの先生

最初は平屋の戸建てと記載されていたのに、審査通してから2階建ての1階部分と変更され、まぁそれはいいのですが、柴犬ミックスの少し大きめの犬がいるので、迷惑かけないようにペット可の物件にしました。
入居後すぐ、私の母が入院してしまい、母の犬のポメラニアンを預かる事になってしまい、少し家に入れてしまいました。その時は、他の2部屋の工事に毎日大家が工事しにきて、ついでに庭に入り雨戸チェックとかいってガタガタされ2匹が大騒ぎしてしまいました。
窓から覗かれたので、私が庭に出て大家と対面し、2匹いますよね。白いの。契約違反ですよ。うるさいし。とか私が泣くまで超責められました。ゲージにいれてないとか吠えるなとか、違反しているのはこっちなので、ただただ謝るしかなく。勝手に入ってこないでほしいと言ったら、雨戸のチェックだからと。なんなら警察よんでいいですよ。と。言い方が怖くて怖くて。
なので、しつけの業者に頼ってしつけました。無駄にほえないように。
本題です。預かる事もあるだろうからと主人が家賃にプラス2万円でポメの出入りを許してもらう事にしました。半年で返したので、大家に犬1匹返したので家賃の相談させて欲しいです。と聞きました。
は？最初から違反しまくりでしたよね。
家賃を下げる事は考えていません。とのこと。
にしても、そんな言い方しなくても。
なんか、どうしてもムカつくのです。
退去のときの修繕は実費とあり、それは出る時に私が修繕費用を全て払わないといけないのでしょうか。
入居時から畳はボロくてかえてなかったし、襖もヤニで真っ黒。天井にはガムテープ。写真はとってありますが、大家が1人親方みたいな会社をしているので、請求書なんてどうにでもできてしまうのではないかと、まだ退去しませんが、不安になってしまいます。
入居前クリーニング代も、埃だらけだったのに請求されました。入居費用が犬がいるとの事で、敷金ではなく、何故か礼金1。その他全部で50万くらいかかりました。
我慢するしかないのでしょうか。大家と話すだけで胸が苦しくなって息があがってしまいます。

下手な文で長々と申し訳ございません。
最後まで読んで頂きありがとうございました。